Die beiden Zweckverbände arbeiten von gemeinsamen Standorten aus: dem Regionalen Biodiversitätszentrum in Olm sowie der Maschinenhalle in Kehlen. Alle Projekte werden von hier aus von einem gemeinschaftlichen Team umgesetzt. Dies beinhaltet sowohl die Planung und wissenschaftliche Begleitung der Projekte als auch die praktische Umsetzung von Naturschutzmaßnahmen mithilfe eines speziellen Maschinenparks sowie zahlreichen pädagogischen Aktivitäten.

Ziel der beiden Zweckverbände ist der Schutz der Artenvielfalt und der Landschaften sowie Neuanlage, Pflege und Management von natürlichen Lebensräumen in den Mitgliedsgemeinden. Eine wichtige Rolle spielt auch die Sensibilisierung der Öffentlichkeit für den Naturschutz und die Unterstützung und Beratung der Gemeinden in Naturschutzfragen im Sinne einer nachhaltigen Entwicklung.

Im Mittelpunkt der Arbeit von SICONA stehen die Mitgliedsgemeinden.  Langzeitziel ist die Mitgliedschaft dieser Gemeinden. Außerdem unterstützt SICONA den staatlichen Naturschutz ebenfalls über eine Konvention mit dem Umweltministerium. Hierbei geht es um die Umsetzung der Ziele des Nationalen Naturschutzplans, im Besonderen um die Umsetzung der Arten- und Biotopschutzpläne sowie der staatlichen Biodiversitätsprogramme.

Das anschließende Organigramm gibt eine Übersicht über die verschiedenen Organe und Abteilungen von SICONA Naturschutzsyndikat.